Sébastien Barot : curriculum

1 FORMATION

1988	Baccalauréat C, Mathématiques et Sciences Physiques, au lycée François 1er au Havre (76)
1988-1991	Classe préparatoire Mathématique supérieure et spéciale Biologie au lycée Corneille à Rouen (76)
1991	Admission à la Formation des Ingénieurs Forestiers de l'Ecole Nationale du Génie Rural des Eaux et des Forêts à Nancy
1991-1993	Formation des Ingénieurs Forestiers
1993-1994	Troisième année de la FIF-ENGREF et DEA d'Ecologie Générale (Paris XI, Paris VI, INA-PG, et ENS). Stage de DEA de 6 mois au laboratoire "Fonctionnement et Evolution des Systèmes Ecologiques" dont deux mois sur le terrain en Côte d'Ivoire à la station d'Ecologie de Lamto. Sujet : Stratégie de nutrition du Palmier Rônier en relation avec l'hétérogénéité de l'écosystème savane
1994-1996	Service militaire
1996-1999	Thèse sous la direction de J.-C. Menaut et J. Gignoux au laboratoire "Fonctionnement et évolution des systèmes écologiques" (UMR 7625, Paris VI, Ecole Normale Supérieure). Sujet : Interactions entre la dynamique d’une population végétale, la répartition de ses individus et l’hétérogénéité de l’écosystème. Cas du Palmier Rônier dans une savane humide
2007	Passage de l'Habilitation à Diriger des Recherches

2 STAGES ET EXPERIENCES PROFESSIONNELLES

1986 - 1987	Stage d'archéologie préhistorique durant l'été
1991-1993	Inventaires forestiers dans le cadre de la junior entreprise de la FIF-ENGREF
1992	Stage de deux semaines durant l'été au Service Régional de la Forêt et du Bois de Franche Comté
1999	Participation à la réalisation d'un CD-ROM sur les plantes médicinales (conception d'une clef de détermination)

3 EXPERIENCES DE RECHERCHE

1992	Relevés de terrains (topographie, pédologie, flore) effectués dans les Vosges du Sud en vue d'une typologie des stations forestières. Traitement statistique des relevés précédemment cités et rédaction d'un pré-catalogue de station sous la direction de J. C. Rameau du Laboratoire d'Ecologie Végétale de l'ENGREF-Nancy.
1992-1993	Stage d'un mois au laboratoire du professeur P. J. Jarvis à l'Université d'Edimbourg: étude de l'effet du doublement du taux de CO2 sur l'Epicéa de Sitka.
1993-1999	4 périodes de travail de terrain d'environ 2 mois à la station d'Ecologie de Lamto en Côte d'Ivoire (DEA et Thèse). Collaboration avec Sonia Yakovlev du laboratoire "Ecologie, Systématique et Evolution" de l'Université d'Orsay (UMR 6124): étude du déterminisme du sexe chez le palmier Rônier en utilisant des méthodes de cytogénétique.
Eté 2000	Séjour postdoctoral de 2 mois au Centre for Population Biology de l’Imperial College (Londres). Travail de modélisation pour tester les conséquences démographiques de la diécie (existence de sexes séparés chez les plantes).
2000-2001	Contrat post-doctoral à l’International Institute for Applied Systems Analysis (Vienne, Autriche) dans le cadre du programme européen ModLife (Ulf Dickmann). Etude de la démographie et de l’évolution du cycle de vie de la morue dans l’Atlantique Nord. Analyse de données pour distinguer les effets environnementaux de la rétroaction liée à la réponse évolutive induite par la surexploitation par la pêche
2002	Embauche à l’IRD comme CR2. Affectation au Laboratoire d’Etude des Sols Tropicaux à Bondy
2008	Promu CR1 IRD au laboratoire Bioemco
2011	Promu Directeur de Recherche IRD au laboratoire Bioemco

4 LANGUES

Anglais Très bonne connaissance pratique et théorique, "First Certificate" de l'Université de Cambridge, mention B
Allemand Pratique courante
Espagnol Pratique courante
Portugais Bases parlées

5 STATISTIQUES, INFORMATIQUES, MODELISATION

Très bonne connaissance de SAS (analyse de données, graphiques, programmation de procédures statistiques complexes).
Bonne pratique du logiciel R.
Programmation en Pascal, sous SAS et R.
Statistique : Modèles linéaires généralisés, ré-échantillonnage, statistiques spatiales, modèles mixtes
Modélisation : Modèles matriciels, modèles de simulation individu-centrés, modèles analytiques, systèmes dynamiques, dynamique adaptative.

6 ENSEIGNEMENT

1997-2000	Soutien scolaire bénévole en primaire et collège: mathématiques, français, anglais, biologie, physique-chimie
1999-2000	3 heures de cours annuelles dans le master d'Ecologie générale (Paris VI, Paris XI)
1999-2000	Demi poste d'ATER en biostatistiques à l'Université Paris VII : travaux dirigés en Licence de génétique et en DEUG de Biologie
Juin 2003	Participation à l’encadrement d’un stage pour 10 étudiants de maîtrise brésilien de l’UFRA. Ce stage comprenait à la fois le travail de terrain puis l’analyse statistique des données récoltées
A partir de 2003	Participation à plusieurs modules de deuxième année du Master d’Ecologie de l'UPMC, environ 30 h annuelles : spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution : modules ‘‘Ecologie des sols’’ et ‘‘Ecosystèmes tropicaux’’; parcours Biosphère Continentale : modules ‘‘Ecologie des milieux continentaux : plantes et écosystèmes’’ et ‘‘Outils et méthodes dans l’étude de la biosphère continentale’’
Septembre 2005	Participation en tant qu’enseignant à une Ecole Thématique en Ecologie Tropicale, Services écosystémiques et usage durable des ressources naturelles, Bobo Dioulasso (Burkina Faso), 2 semaines, cours de modélisation et statistiques, encadrement de petits projets de terrain
Septembre 2006	Participation en tant qu’enseignant à une Ecole Thématique en Ecologie Tropicale, Réseaux trophiques : de la théorie à la gestion durable des ressources biologiques –écosystèmes terrestres et aquatiques, Mbour (Sénégal), 2 semaines, cours et TP de statistiques, encadrement de petits projets de terrain
A partir de 2007	Reprise d’une partie des cours donnés à l’UPMC par le professeur Patrick Lavelle en écologie des sol et écologie des écosystèmes: L3 module d’écologie des écosystèmes (LV 335) ; M1, module d’écologie des sols (master EBE, SOLT), M1, module d’écologie des écosystèmes (master EBE, MU 206), M2, module d’écologie des sols (master EBE, ESOL) En tout, environ 50 heures de cours par an
Novembre 2007	Participation en tant qu’enseignant à une Ecole Thématique en Ecologie Tropicale, Madagascar, biodiversité des milieux insulaires, Morondava (Madagascar), 1 semaine, cours et TP de statistiques
A partir de 2009	12 h de cours et 7 h de TD chaque année dans le module LV373, L3 de Biologie, à l’UPMC

7 ENCADREMENT DE STAGES

4 TIPE (travaux pratiques en classe préparatoire)
4 stages de Maîtrise (M1)
10 stages de M2
2004		Alexis Ugolini : Modélisation de l’effet des vers de terre sur le cycle de l’azote
2005		Kam-Rigne Laossi : Relation sol-faune du sol-biodiversité végétale
2005		Anna-Maria Llorens : Stratégie de reproduction du palmier Rônier
2006		Simon Boudsocq : Modélisation de l'effet de l'inhibition de la nitrification sur la production primaire
2009		Tiphaine Le Mao : Acquisition et recyclage des nutriments: perspectives spatiales, écologiques et évolutives. Coencadrement avec N. Loeuille
2010		Vincent Tardy : Effet de la disponibilité de l’azote, du phosphore et des herbivores sur fonctionnement microbiologique du sol dans une savane zimbabwéenne. Coencadrement avec J.-C. Lata
2010		Justine Vincent : Comment augmenter les services écosystémiques fournis par les espaces verts de la Cité Internationale Universitaire de Paris ? Coencadrement avec J.-C. Lata
2011		Henri de Parseval : Effet de la concentration spatiale des ressources sur les cycles des nutriments dans les écosystèmes. Coencadrement avec J. Gignoux et X. Raynaud
2012		Anne-Sophie Lafuite: Effet du recyclage des nutriments et du réseau trophique détritivore sur le fonctionnement des réseaux trophiques. Coencadrement avec E. Thébault
2012		Kejun Zou: Interactions entre chaine trophique brune et verte, Coencadrement avec Elisa Thébault
1 stage de M2 pro
2004		Rahantaharimanana Fanjavola : Dégradation des pâturages en Amazonie Brésilienne: déterminants écologiques, agronomiques et socio-économiques: essai de synthèse bibliographique
3 stages ERASMUS
2005		Maria Martin : Microcosmes : Effet du traitement initial des sols sur les communautés microbiennes et invertébrées
2007		Abraham Bartolome Lasa: Effet des vers de terre sur les communautés de plantes
2009-2010		Elisa Turco : Effet de la disponibilité de l’azote, du phosphore et des herbivores sur la croissance et les défenses des acacias dans une savane zimbabwéenne
12 Encadrements et co-encadrements de THESE
2005-2009		Ignace Kouassi Kouadio : Démographie de deux espèces de palmier rotin dans une forêt de Côté d’Ivoire
2006-2009		Diana Noguera : Apports de charbon de bois au sol et vers de terre : effet sur la croissance des plantes et interactions
2006-2009		Kam-Rigne Laossi : Effet des vers de terre sur les plantes : du fonctionnement individuel à la structure des communautés végétales
2006-2010		Simon Boudsocq : Evolution des activités des ingénieurs des écosystèmes influençant l’efficacité du recyclage des nutriments. Co-encadrement avec Nicolas Loeuille
2009-2011		Séraphine Grellier: Invasion ligneuse par l’Acacia sieberiana dans un pâturage raviné du KwaZulu-Natal (Afrique du Sud). Co-encadrement multiple
2010-		Nazia Perveen : Modélisation du priming effect et du couplage plante-décomposeurs-matière organique du sol. Coencadrement avec S. Fontaine (Directeur)
2010-2013		Charlène Heiniger : Règles de structuration des assemblages locaux d'espèces: le modèle collembole. Coencadrement avec F. Dubs (Directrice)
2010-		Aleksandar Rankovic : Cycle de l''azote et du carbone dans le sol des arbres d'alignement en milieu urbain. Coencadrement avec L. Abbadie (Directeur) et J.-C. Lata
2010-2013		Lambiénou Yé:Stratégies des Graminées pour le recyclage des nutriments et herbivorie. Co-encadrement avec Hassan Nacro, Dominique Masse et Jean-Christophe Lata
2011-		Henri de Parseval : Modélisation des effets de la concentration spatiale des racines sur le recyclage des nutriments et la croissance des plantes. Coencadrement avec J. Gignoux (Directeur) et X. Raynaud
2013-		Catalina Sanabria: Effet d'un paysage agricole sur la macrofaune du sol et services écosystémiques
2013-		Kejun Zou: Modélisation de l'effet du recylage des nutriments sur les réseaux trophiques, Coencadrement avec Elisa Thébault

8 PUBLICATIONS

TElEchargement des articles

1996-1999

Mordelet, P., S. Barot, and L. Abbadie. 1996. Root foraging strategies and soil patchiness in a humid savanna. Plant Soil 182:171-176.

Barot, S., and J. Gignoux. 1999. Population structure and life cycle of Borassus aethiopum Mart.: evidence of senescence in a palm tree. Biotropica 31:439-448.

Barot, S., J. Gignoux, and J.-C. Menaut. 1999. Demography of a savanna palm tree: predictions from comprehensive spatial pattern analyses. Ecology 80:1987-2005.

Gignoux, J., C. Duby, and S. Barot. 1999. Comparing the performances of Diggle's tests of spatial randomness for small samples with and without edge effect correction: application to ecological data. Biometrics 55:166-177.

2000-2003

Barot, S., J. Gignoux, S. Legendre, and R. Vuattoux. 2000. Demography of a savanna palm tree in Ivory Coast (Lamto): population persistence, and life history. J. Trop. Ecol. 16:637-655.

Barot, S., J. Gignoux, and S. Legendre. 2002. Stage-structured matrix models and age estimations. Oikos 96:56-61.

Barot, S., and J. Gignoux. 2003. Neighborhood analysis in a savanna palm: interplay of intraspecific competition, and soil patchiness. J. Veg. Sci. 14:79-88.

Grift, R. E., A. D. Rijnsdorp, S. Barot, M. Heino, and U. Dieckmann. 2003. Trends in reaction norms for maturation in North Sea plaice. Mar. Ecol. Prog. Series 257:247-257.

2004

Barot, S., and J. Gignoux. 2004. How do sessile dioecious populations cope with their males? Theoretical Population Biology 66:163-173.

Barot, S., and J. Gignoux. 2004. Mechanisms promoting plant coexistence: can all the proposed processes be reconciled? Oikos 106:158-192.

Barot, S., M. Heino, L. O'Brien, and U. Dieckmann. 2004. Estimation of reaction norm for age and size at maturity with missing first-time spawner data. Evolutionary Ecology Research 6:659-678.

Barot, S., M. Heino, L. O'Brien, and U. Dieckmann. 2004. Reaction norms for age and size at maturation: study of the long term trend (1970-1998) for Georges Bank and Gulf of Maine cod stocks. Ecol. Appl. 14:1257-1271.

2005

Barot, S., M. Heino, M. J. Morgan, and U. Dieckmann. 2005. Maturation of the Newfoundland American plaice (Hippoglosoides platessoides) : a long-term trend in maturation reaction norm with low fishing mortality? ICES journal of Marine Science, 62: 56-64

Barot, S., M. Grimaldi, G. Mejia, D. Mitja and I. Miranda. 2005. Reproductive plasticity in an invading palm tree of Amazon. Evolutionary Ecology Research, 7: 1051-1065

Fontaine, S., and S. Barot. 2005. Size and fucntional diversity of microbe populations control plant persistence and long-term soil carbon accumulation. Ecology Letters, 8: 1075-1087

2006

Measey, G. J. and Barot, S. 2006. Seasonal abundance of a subterranean East African caecilian Boulengerula boulengeri (Amphibia; Gymnophiona; Caeiliidae) in a secondary forest of the East Usambara mountains, Tanzania. - Journal of Zoology, London. 269: 29-37

Blouin, M., Barot, S. and Lavelle, P. 2006. Earthworms (Millsonia anomala, Megascolecidae) do not increase rice growth through enhanced nitrogen mineralization. - Soil Biology & Biochemistry. 38: 2063-2068

Lahoreau, G., Barot, S., Gignoux, J., Hoffmann, W. A., Setterfield, S. A. and Williams, P. R. 2006. Positive effect of seed size on seedling survival in fire-prone savannas of Australia, Brazil and West Africa. Journal of Tropical Ecology 22:719-722

Lavelle, P., T. Decaëns, M. Aubert, S. Barot, M. Blouin, F. Bureau, P. Margerie, P. Mora, and J.-P. Rossi. 2006. Soil invertebrates and ecosystem services. European Journal of Soil Biol. 42:S3-S15

2007

Barot, S., A. Ugolini, and F. Bekal Brikci. 2007. When do soil decomposers and ecosystem engineers enhance plant production? Functional Ecology 21:1-10

Blouin, M., S. Barot, and C. Roumet. 2007. A quick method to determine root biomass distribution in diameter classes. Plant and Soil 290:371-381

Barot, S., J. P. Rossi, and P. Lavelle. 2007. Self-organization in a simple consumer-resource system, the example of earthworms. Soil Biol. & Biochem. 39:2230-2240.

Fontaine, S., S. Barot, P. Barré, N. Bdioui, B. Mary, and C. Rumpel. 2007. Stability of organic carbon in deep soil layers controlled by fresh carbon supply. Nature 450:277-281.

2008

Barot S., Blouin M., Fontaine S., Jouquet P., Lata J.-C. & Mathieu J. 2008 A Tale of Four Stories: Soil Ecology, Theory, Evolution and the Publication System. PLoS ONE

Laossi, K.-L., S. Barot, D. Carvalho, T. Desjardins, P. Lavelle, M. Martins, D. Mitja, A. C. Rendeiro, G. Roussin, M. Sarazin, E. Velasquez, and M. Grimaldi. 2008. Effects of plant diversity on plant biomass production and soil macrofauna in Amazonian pastures. Pedobiol. 51:397-407

Kouassi, I. K., S. Barot, J. Gignoux, and I. A. Zoro Bi. 2008. Demography and life history of two rattan species, Eremospatha macrocarpa and Laccosperma secundiflorum, in Côte d'Ivoire. J. Trop. Ecol. 24:493-503.

2009

Boudsocq, S., J. C. Lata, J. Mathieu, L. Abbadie, and S. Barot. 2009. Modelling approach to analyze the effects of nitrification inhibition on primary production. Func. Ecol. 23:220-230.

Gignoux, J., G. Lahoreau, R. Julliard, and S. Barot. 2009. Establishment and early persistence of tree seedlings in an annually burned savanna. J. Ecol. 97:484-495.

Laossi, K.-L., D. C. Noguera, A. Bartolomé-Lasa, J. Mathieu, M. Blouin, and S. Barot. 2009. Effects of endogeic and anecic earthworms on the competition between four annual plants and their relative reproduction potential. Soil Biol. Biochem 41:1668-1773.

Auclerc, A., J.-F. Ponge, S. Barot, and F. Dubs. 2009. Experimental assessment of habitat preference and dispersal ability of soil springtails. Soil Biol. Biochem 41:1596-1604.

Kouassi, I. K., S. Barot, and I. A. Zoro Bi. 2009. Population structure and repoductive strategy of two multiple-stemmed rattans of Côte d'Ivoire. Palms 53:39-48.

2010

Jana, U., S. Barot, M. Blouin, L. Lavelle, D. Laffray, and A. Repellin. 2010. Earthworms influence the production of above- and belowground biomass and the expression of genes involved in cell proliferation and stress responses in Arabidopsis thaliana. Soil Biol. Biochem 42:244-252.

Laossi, K.-L., D.-C. Noguera, and S. Barot. 2010. Earthworm-mediated maternal effects on seed germination and seedling growth in three annual plants. Soil Biol. & Biochem. 42:319-323.

Mathieu, J., s. Barot, M. Blouin, G. Caro, T. Decaëns, F. Dubs, L. Dupont, P. Jouquet, and P. Nai. 2010. Habitat quality, conspecific density, and habitat pre-use affect the dispersal behaviour of two earthworm species, Aporrectodea icterica and Dendrobaena veneta, in a mesocosm experiment. Soil Bio. Biochem. 42:203-209.

Laossi, K.-L., A. Ginot, D. C. Noguera, M. Blouin, and S. Barot. 2010. Earthworm effects on plant growth do not necessarily decrease with soil fertility. Plant Soil 328:109–118.

Noguera, D., M. Rondon, K.-R. Laossi, V. Hoyos, P. Lavelle, M. H. Cruz de Carvalho, and S. Barot. 2010. Contrasted effect of biochar and earthworms on rice growth and resource allocation in different soils. Soil Biol. Biochem. 42:1017-1027.

Laossi, K.-R., T. Decaëns, P. Jouquet, and S. Barot. 2010. Can we predict how earthworm effect on plant growth vary with soil properties? Appl. Env. Soil Sci.

2011

Bornhofen, S., S. Barot, and C. Lattaud. 2011. The evolution of CSR life-history strategies in a plant model with explicit physiology and architecture. Ecol. Model. 222:1-10.

Laossi, K.-R., D. C. Noguera, T. Decaens, and S. Barot. 2011. The effects of earthworms on the demography of annual plant assemblages in a long-term mesocosm experiment. Pedobiologia 54: 127-132.

Guenet, B., J. Leloup, C. Hartmann, S. Barot, and L. Abbadie. 2011. A new protocol for an artificial soil to analyse soil microbiological processes. Appl. Soil Ecol. 48:243-246.

Noguera, D., K.-R. Laossi, P. Lavelle, M.-H. Cruz de Carvalho, N. Asakawa, C. Botero, and S. Barot. 2011. Amplifying the benefits of agroecology by using the right cultivars. Ecol. Appl. 21:2349–2356.

Forey, E., S. Barot, T. Decaëns, E. Langlois, K.-L. Laossi, P. Margerie, S. Scheu, and N. Eisenhauer. 2011. Importance of earthworm-seed interactions for the composition and structure of plant communities: A review. Acta Oecologica 37:594-603.

2012

Barot, S., J.-C. Lata, and G. Lacroix. 2012. Meeting the relational challenge of ecological engineering. Ecol. Eng. 45:13-23.

Grellier, S., S. Barot, J.-L. Janeau, and D. Ward. 2012. Grass competition is more important than seed ingestion by livestock for Acacia recruitment in South Africa. Plant Ecol. 213:899-908.

Velasquez, E., S. J. Fonte, S. Barot, M. Grimaldi, T. Desjardins, and P. Lavelle. 2012. Soil macrofauna-mediated impacts of plant species composition on soil functioning in Amazonian pastures. Appl. Soil Ecol. 56: 43-50.

Noguera, D., S. Barot, K.-R. Laossi, J. Cardoso, P. Lavelle, and M.-H. Cruz de Carvalho. 2012. Biochar but not earthworms enhances rice growth through increased protein turnover. Soil Biol. & Biochem. 52:13-20.

Raynaud, X., C. G. Jones, and S. Barot. 2012. Ecosystem engineering, environmental decay and environmental states of landscapes. Oikos in press.

Stokes, A., S. Barot, J.-C. Lata, G. Lacroix, C. G. Jones, and W. J. Mitsch. 2012. Ecological engineering: from concepts to applications. Ecol. Engin. 45:1-4.

Grellier, S., J. Kemp, J.-L. Janeau, N. Florsch, D. Ward, S. Barot, P. Podwojewski, S. Lorentz, and C. Valentin. 2012. The indirect impact of encroaching trees on gully extension: A 64 year study in a sub-humid grassland of South Africa. Catena 98:110-119.

9 CHAPÎTRES DE LIVRE

DEtails sur les livres

Gignoux, J., Barot, S. 2006 Modeling tree and grass dynamics: from demographic to spatially explicit models In "Lamto. Structure, functioning, and dynamics of a savanna ecosystem" (Abbadie, Gignoux, Leroux & Lepage eds), Springer

Gignoux, J., Barot, S. Menaut, J.-C. and Vuattoux, R. 2006 Structure, long-term dynamics, and demography of the tree community In "Lamto. Structure, functioning, and dynamics of a savanna ecosystem" (Abbadie, Gignoux, Leroux & Lepage eds), Springer

Vuattoux, R., Konaté, S., Abbadie, L. Barot, S., Gignoux, J. and Lahoreau, G. 2006 history of the Lamto ecology station and ecological studies in Lamto In "Lamto. Structure, functioning, and dynamics of a savanna ecosystem" (Abbadie, Gignoux, Leroux & Lepage eds), Springer

Lavelle, P., Barot, S., Blouin, M. Decaëns, T., Jimenez, J. J. and Jouquet, P. 2007. Earthworms as key actors in self-organized soil systems. Pages 405 in K. Cuddington, J. E. Byers, W. G. Wilson, and A. Hastings, editors. Ecosystem engineers: plants to protists. Academic Press.

Jouquet, P., J. Mathieu, S. Barot, and C. Chossai. 2007. Soil engineers as ecosystem heterogeneity drivers. in S. I. Munoz, editor. Ecology research progress. Nova Science Publishers.

Velthof, G., S. Barot, J. Bloem, K. Butterbach-Bahl, W. de Vries, H. Kros, P. Lavelle, J. E. Olesen, and O. Oene Oenema. 2011. Threats of reactive nitrogen on European soil quality. in M. A. Sutton, C. M. Howard, J. W. Erisman, G. Billen, A. Bleeker, P. Grennfelt, H. van Grinsven, and B. Grizzetti, editors. The European nitrogen assessment sources, effects and policy perspectives. Cambridge University Press.


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