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BIOMOS

SolECOEvo      
         
   
     
     

BIOMOS

 
Porteur du projet Sébastien Fontaine
Programme ANR "ECCO"
Période
2005-2008
Financement
150 000 euros
Mots clefs
Rhizosphère, priming effect, séquestration du carbone, cycle de l’azote, diversité fonctionnelle (plante, microbe
Projet complet
PDF
Résumé

Les modèles actuels de dynamique des matières organiques des sols (MOS) décrivent la minéralisation des MOS comme un processus physique ou biochimique qui dépend de variables physique (température, humidité) faisant l’impasse sur le biologie et la diversité des microbes du sol et les effets rhizosphères induits par la plante. Cette approche pragmatique était justifiée jusqu’à présent notamment parce que les modèles semblaient bien fonctionner sans ces complications. Cependant, des résultats récents montrent la nécessité d’inclure la biologie et la diversité des organismes du sol dans les modèles.

L’objectif du projet est d’enrichir nos connaissances sur les mécanismes biologiques (plante, microbe, rhizosphère) qui contrôlent la minéralisation des MOS en tenant compte de la stimulation de la minéralisation de l’humus par les apports de matières organiques fraîches des végétaux (« priming effect » ou sur-minéralisation en français). Nous réaliserons cet objectif grâce à une démarche conjuguant modélisation et expérimentation.

Dans le volet modélisation, nous construirons une théorie simple et alternative de dynamique des MOS qui prendra en compte la dynamique et la diversité des microbes du sol, le dépôt de litières et d’exsudats par la plante. Les modèles seront étudiés analytiquement et par des simulations de résultats expérimentaux afin de comprendre les conséquences des contrôles biologiques (microbe, plante) sur la dynamique des MOS et la co-existence plante-microbe. Ce travail permettra d’expliquer certains résultats empiriques sur la dynamique des MOS et de formuler des hypothèses testables.

Dans le volet expérimental, une expérimentation principale en mésocosme a pour but de quantifier l’impact de deux graminées prairiales via leurs dépôts de litères et d’exudats sur la minéralisation de l’humus et d’en déterminer les conséquences pour les bilans de carbone et la ressource d’azote disponible pour la plante. Cette expérimentation s’appuie sur des méthodes spécifiques et innovantes (plateforme de marquage 13C en continu, dilution isotopique après apport de 15N). Une expérimentation parallèle utilisant des filets à mailles micrométriques sera mis en place dans le but de déterminer les contributions relatives des exsudats, des litières et des associations avec les champignons mycorhiziens dans la stimulation de la minéralisation des MOS induite par la plante.

 
SolEcoEvo 
 
Porteur du projet Sébastien Barot
Programme ANR "Jeune chercheur"
Période
2005-2008
Financement
100 000 euros
Mots clefs
Ecologie des sols, macrofaune, plante, coévolution, recyclage des nutirments, ingénieurs des écosystèmes
Projet complet
Résumé

Nous voulons tester un cadre conceptuel qui permettra de mieux interpréter les résultats empiriques de l’écologie des sols et de suggérer de nouvelles expériences clefs. Ce cadre est basé sur la prise en compte 1 de l’évolution, au sens darwinien, des interactions faune du sol–plante, 2 des interactions indirectes dues aux activités de type ‘’ingénieur des écosystèmes’’, 3 de l’efficacité du recyclage des nutriments : de la capacité des organismes à recycler les nutriments à l’intérieur de leur écosystème. Ce cadre sera testé pour étudier la relation vers de terre–sol–plante en développant une approche empirique et théorique.

Les vers de terre ont une influence positive sur les plantes. Les mécanismes impliqués et leurs causes évolutives sont mal connus. Un des mécanismes les plus reconnu fait intervenir l’accélération du recyclage des nutriments par les vers. De Mazancourt a montré que les herbivores peuvent augmenter la production primaire en augmentant l’efficacité du recyclage et non pas sa rapidité. Leurs modèles suggèrent aussi que l’évolution peut sélectionner, chez les plantes, des traits augmentant cette efficacité. Nous testerons ces résultats pour les vers de terre.

A Des modèles (systèmes d’équations différentielles) seront construits pour déterminer dans quelles conditions les vers augmentent la production primaire par l’intermédiaire du recyclage de la matière organique et dans quelles conditions des traits biologiques permettant aux vers d’augmenter la production primaire ont pu être sélectionnés.

B Pour que la relation plante-vers de terre ait été façonnée par coévolution il faut que les vers soit capables de modifier la valeur sélective de plantes et non pas seulement d’influencer leur croissance. Des expériences en microcosmes seront mises en place. Les cycles de vie entiers de plantes annuelles (4 espèces) isolées seront suivis jusqu’à la production de graines. L’effet des vers de terre sur des communautés composées de ces plantes sera suivi au cours de plusieurs cycles de vie successifs.

C Si la relation plante-vers découle d’une coévolution, des mécanismes subtils ont dû être sélectionnés. De tels mécanismes seront recherchés dans trois directions. (1) Par une expérience de marquage isotopique, nous mesurerons les flux d’azote induits par les vers. (2) Les vers influencent le recyclage des nutriments et les plantes en manipulant la microflore du sol. Nous porterons notre attention sur la capacité de cette microflore à nitrifier et dénitrifier à l’aide de différentes méthodes de microbiologie (enzymologie, DGGE, incubations). (3) Les vers de terre modifient l’expression des gènes des plantes, directement par la production de molécules reconnues par les plantes comme des hormones, ou indirectement en modifiant le sol. Nous estimerons ainsi par des méthodes moléculaires l’expression de gènes du catabolisme, de la croissance et du métabolisme de l’azote. Ces analyses seront appliquées aux plantes de l’expérience (B).